荒海水下机关开启的核心在于正确操作雷元素方碑与雷立方机关的组合解密。首先需要找到荒海中间大树旁的三根雷柱，让所有图标朝向同一面即可解开初始机关。这一步骤完成后水位会首次下降，玩家需跳入中间圆柱进入地底区域。进入后需注意神樱大祓任务的特定攻击顺序：前1次、左3次、左上2次、右3次、右上2次，严格按照此顺序操作才能激活后续机关。
解开初始机关后，右手边会出现需要两个仙灵解锁的大门。第一个仙灵位于柱子顶部，第二个则隐藏在大祓树左侧区域。将两个仙灵引导归位后，中心大门才会完全开启。玩家需要通过左侧水潭游入内部区域，此处分布着五个关键机关方块。在方块初始状态下，按照从右往左编号1-5的顺序，采用12541542的点击顺序可成功解锁水位下降机关。这个步骤需要精确操作，任何顺序错误都可能导致机关重置。
水位完全下降后会出现新的通道，玩家需要使用留念镜观察三只地狐雕像。每观察一只地狐都会出现新的机关装置，按压这些机关才能最终打开通往荒海地下的完整入口。部分机关需要较高等级的雷种子才能穿越结界获取镇物，建议提前提升雷种子等级。在最终阶段，玩家还需完成神樱大祓的终章任务，包括返回钿田村井下与花散里对话，以及前往鸣神大社交谈。
整个解密过程涉及多个机关联动的精密设计，关键在于掌握各环节的正确触发顺序。雷立方机关的操作需要遵循右上→左下×2→右上的基础模式，而水位控制则需要通过仙灵引导和方块顺序点击双重验证。玩家在操作过程中应注意环境细节，特别是小狐狸雕像的位置分布和雷种子获取时机，这些要素直接影响最终能否成功开启荒海全部水下区域。
