组织与鬼差之间的交互构成了游戏核心剧情与玩法的重要部分。组织作为武林中最神秘的存在，通过严格的等级制度控制着鬼差，而鬼差则是被改造的武者，成为组织执行任务的工具。两者之间的关系既包含绝对的服从，也暗藏反抗与背叛的伏笔。
鬼差分为甲、乙、丙三级，甲级鬼差拥有较高自主权，而乙级和丙级则完全受控于组织。组织通过楔子命令对鬼差施加精神控制，确保其绝对忠诚。鬼差在执行任务时，往往以小队形式行动，由冥使或人使直接指挥。例如钩者作为乙级鬼差，独门绝技连环钩曾为组织夺命无数，但其疯狂嗜血的特性也体现了改造术的副作用。
鬼差的改造技术源于组织的秘术，结合了杀气改造与机关术。组织通过蛇屋掌握神秘医术，既能救治重伤者，也能将俘虏的武林人士转化为鬼差。改造后的鬼差丧失部分人性，仅保留战斗本能。在暗魔天堡战役中，组织通过鬼差大军剿灭敌对势力，但自身也损失惨重，可见鬼差既是利器也是双刃剑。
交互方式不仅限于控制与执行，还涉及资源分配与情报传递。组织为鬼差配备专属武器与心法，并通过工坊研发提升其战力。鬼差则通过完成任务为组织获取资源，例如剿灭门派或保护镖车。鬼差在战斗中积累的实战数据会被组织用于改进改造技术，形成闭环反馈。
尽管组织对鬼差拥有绝对权威，但剧情中仍存在反抗的暗线。部分鬼差因改造不完全或意志强大而试图摆脱控制，例如魂与左殇的叛离直接动摇了组织根基。这种潜冲突为游戏剧情增添了深度，也让玩家在体验战斗系统的同时感受到世界观的内在张力。
